Em 21 de março de 1963, mais de 300 detentos e mais de 40 guardas desapareceram da prisão de Alcatraz sem deixar rastros. Para cobrir o desaparecimento, o governo se pronunciou dizendo que a prisão havia sido fechada, graças a pouca segurança, e que os prisioneiros haviam sido transferidos. Um jovem guarda naquela época, agente federal Emerson Hauser, foi um dos primeiros a descobrir sobre o desaparecimento dos prisioneiros. Ele agora dirige uma unidade governamental secreta dedicada a encontrá-los. Nos dias atuais em São Francisco (Califórnia), os prisioneiros estão retornando, e sem quaisquer sinais de envelhecimento. Para ajudar na busca e captura dos prisioneiros, Hauser recruta a policial detetive Rebecca Madsen e um especialista na história de Alcatraz, Doutor Diego Soto.